文獻資訊
標題： Large-scale genome-wide association study in a Japanese population identifies novel susceptibility loci across different diseases
中文標題： 日本人群的大規模全基因組關聯分析發現跨不同疾病的新型易感基因座
期刊： Nature Genetics (IF: 25.455)
鏈接： https://www.nature.com/articles/s41588-020-0640-3
簡介
當前遺傳學研究的絕大多數參與者都是歐洲人群，BioBank Japan Project (BBJ) 是非歐洲人群最大的一個 biobank 專案，這篇文章是 BBJ 最新的研究成果，
樣本量
212453 個來自 BBJ 的日本病人，包含42種常見疾病；32793 個來自前瞻性佇列研究的樣本作為對照，
來自獨立的多個佇列的 2855 cases 和 15211 controls 作為重復驗證，在肺癌的重復驗證，還額外包括 2440 female cases 和 467 female controls，
方法
使用 SNP 芯片進行 genotyping，其中 QC 程序利用了 939 個樣本的 WGS資料進行 SNP 的一致性檢驗，
Phaseing 使用 SHAPEIT2，imputation 以 1000G Phase3 作為 reference panel 用 minimac3 進行，
GWAS 使用 SAIGE的 GLMM，并通過 permutation test 估計 empirical significance threshold，
遺傳度、遺傳相關性的計算使用了 LDSC 的方法，
Partition heritability 使用 S-LDSC，估算每個轉錄因的結合位點的遺傳力富集度，
結果和結論
文章在276個基因座中檢測到320個獨立信號，涉及27種疾病，其中25個是新基因座，3個 loci 存在東亞特有的錯義突變，其中兩個在獨立的日本佇列中被重復出來，包括與冠狀動脈疾病相關的 ATG16L2 和與肺癌有關的 POT1，另外，通過 TF enrichment analysis，文章找到了9 種疾病的 378 個顯著富集，例如前列腺癌的 NKX3-1，
日本人群中的這種大型 GWAS 提供了對復雜疾病的病因學新的認知，同時表明在非歐洲人群中開展大規模 GWAS 的重要性，
資料
GWAS summary statistics: http://jenger.riken.jp/en/; https://humandbs.biosciencedbc.jp/en/hum0014-v19
GWAS genotype data for case samples: https://humandbs.biosciencedbc.jp/en/hum0014-v19
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