ReverseFunc <- function(base) {
if(base == 'A' | base == 'a') print("T")
else(base == 'T' | base == 't') print("A")
else(base == 'G' | base == 'g') print("C")
else(base == 'C' | base == 'c') print("G")
}
base <- 'ATCG' #This is your test data
comseq <- ReverseFunc(base)
print(comseq)
這是行不通的。而且我必須通過不使用 R 包中的函式來撰寫函式。
uj5u.com熱心網友回復：
有一個鮮為人知但功能強大的基礎 R 函式可以做到這一點： chartr
chartr(old="ATGC", new="TACG", x )
base <- 'ATCG'
chartr("ATGC", "TACG", base )
#[1] "TAGC"
要轉換小寫專案，只需將它們添加為另一個“舊”序列，其大寫序列與“新”值相同：
chartr("ATGCatgc", "TACGTACG", base )
如何使用它作為新函式的主體似乎很明顯，它可能是家庭作業，所以我將其作為“讀者練習”。阻止您的版本作業的錯誤有兩個方面。1) 使用if和 2) 假設base字串將按字符處理。在 R 中，該if函式不接受引數序列，因此即使您將輸入字符值分解為其組成字母，它也只會處理第一個字母。現在我看到了你家庭作業的最后一部分。我不得不爭論“不使用 R 包中的函式”的含義。此處不適用，因為chartr在基本安裝中。講師不可能說基本安裝功能不能使用，因為即使是function 在這種情況下，功能將被禁止。
uj5u.com熱心網友回復：
你的函式有幾個問題：
- 您的函式假定引數 —
base— 是單個基數（或基數向量），而不是由基數串聯而成的字串。您首先需要拆分字串，并且需要使用ifelse而不是if執行矢量化比較。 - 對于替代分支，您需要
else if而不僅僅是else. - 您的函式嘗試通過 輸出結果基數
print。這是不合適的。相反，您需要回傳基地。 - 最后，這個函式試圖計算一個補碼，但它并沒有反轉它，盡管它的名字。（名稱也有問題：它應該是
ReverseComp或它的一些變體，并且Func在函式名稱中沒有位置：它是多余的且沒有資訊量。）
放在一起，我們剩下這個：
reverse_complement <- function (dna) {
bases = toupper(strsplit(dna, '')[[1L]])
compl = ifelse(bases == 'A', 'T',
ifelse(bases == 'C', 'G',
ifelse(bases == 'G', 'C',
ifelse(bases == 'T', 'A', 'N'))))
paste(rev(compl), collapse = '')
}
……然而，這個嵌套ifelse呼叫相當復雜。chartr另一個答案中的解決方案使這更具可讀性，也更高效。還有其他可能的解決方案（例如使用switch），但它們也好不到哪里去。缺少chartr，我會使用帶有match.
uj5u.com熱心網友回復：
添加一個單獨的答案（再次不提供完整的答案，因為它是家庭作業）。基于 Konrad 的建議，match可以這樣將輸入與輸出翻譯對齊：
c("T","A","C","G","T","A","C","G")[ match( strsplit(base, "")[[1]],
c("A","T","G","C","a","t","g","c")) ]
#[1] "T" "A" "G" "C"
使用toupper會使它更加緊湊：
c("T","A","C","G")[ match( toupper(strsplit(base, "")[[1]]),
c("A","T","G","C")) ]
[1] "T" "A" "G" "C"
這里要吸取的教訓是 match 旨在重新運行數字索引，該索引通常用作提取函式的引數，以[在以下用例中從結果向量中提取專案
possible_results_to_choose[ match( input, choices) ]
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