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如何有效地連接數千個PandasDataFrame?

2021-11-27 03:58:43 軟體工程

我有一個檔案夾/data/csvs,其中包含 ~7000 個 CSV 檔案,每個檔案有 ~600 行。每個 CSV 都有一個名稱,其中包含需要保留的時間戳,例如/data/csvs/261121.csv/data/csvs/261122.csv261121今天的日期 26/11/21)。

我需要:

  1. 加載每個 CSV。
  2. 添加一個可以保存時間戳的列,以便我知道資料來自哪個檔案。時間每行增加半秒,因此該行還顯示小時/分鐘/秒/微秒。
  3. 將行合并到一個表中,該表將涵蓋一個月的資料。
  4. 理想情況下,我希望最終產品是 DataFrame。

目前這就是我正在做的事情:

    files = os.listdir('/data/csvs')
    csv_names = []
    for file_name in files:
        if file_name[-4:] == '.csv':
            csv_names.append(file_name)

    to_process = len(csv_names)
    for i, csv_name in enumerate(csv_names):
        df = pd.read_csv(f'{csv_folder_path}/{file_name}')
        df = timestamp(df, csv_name)

        to_process = to_process-1

        if i == 0:
            concat_df = df
            concat_df.to_feather(path=processed_path)
        else:
            concat_df = pd.concat([concat_df, df])

            if to_process % 100 == 0:
                saved_df = pd.read_feather(path=processed_path)
                concat_df = pd.concat([saved_df, concat_df])
                concat_df.reset_index(drop=True, inplace=True)
                concat_df.to_feather(path=processed_path)

我將每個 CSV 作為 DataFrame 加載,添加時間戳列并一次連接 100 個 CSV(因為我認為這會減少記憶體使用量),然后一次將 100 個 CSV 保存到一個大型 DataFrame 羽毛檔案中。這真的很慢并且使用了大量記憶體。

這樣做的更有效方法是什么?

uj5u.com熱心網友回復:

首先,您可以更有效地使用glob. 這可以節省您遍歷所有檔案并檢查檔案擴展名是否為“.csv”

import glob

src = '/data/csvs'
files = glob.iglob(os.path.join(src, "*.csv"))

然后,將所有檔案讀入 df 并將它們添加到生成器中,在同一步驟中將檔案的基本名稱分配給名為時間戳的列

df_from_each_file = (pd.read_csv(f).assign(timestamp=os.path.basename(f).split('.')[0]) for f in files)

最后將 dfs 連接成一個

csv_data = pd.concat(df_from_each_file, ignore_index=True)

希望這有幫助!我已經對大量資料使用了這樣的程序,并發現它足夠有效。

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/gongcheng/366858.html

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