【python】在學習用于圖和網路分析的python時遇到的問題和解決方法

以下是在學習《Python For Graph And Network Analys》（《用于圖和網路分析的python》）一書，運行代碼時遇到的一些問題和總結

1.Python安裝igraph包加載出錯問題

報錯：
Python中加載igraph包(from igraph import *)出現igraph包重復，請升級jgraph的錯誤資訊，

報錯資訊如下：
“DeprecationWarning: To avoid name collision with the igraph project, this visualization library has been renamed to ‘jgraph’. Please upgrade when convenient.”

報錯原因：

Python安裝的igraph包有兩個：igraph和python-igraph，導致加載igraph包時候系統無法判斷加載哪一個，實際上，我們需要的包只有python-igraph，

解決辦法：

第一步：卸載包 igraph

   pip uninstall igraph

第二步：重新安裝包 python-igraph

 pip install python_igraph

完成以上操作，驗證Python中能否成功加載 igraph 包

from igraph import *

2.下載python包的方法

pip

pip是 Python 包管理工具，該工具提供了對Python 包的查找、下載、安裝、卸載的功能，

安裝包

pip install SomePackag              # 最新版本
pip install SomePackage==1.0.4       # 指定版本
pip install 'SomePackage>=1.0.4'     # 最小版本

例如：安裝 Django包，使用代碼：

pip install Django==1.7

pip 清華大學開源軟體鏡像站

若由于一些局域網的原因，使用 pip 出現 “connection timeout”，連接超時可以使用清華大學開源軟體鏡像站下載：

安裝包：

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package

例如：安裝 Django包，使用代碼：

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple Django

例如：安裝pyspider包，使用代碼

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple pyspider

3.name ‘nx’ is not defined

報錯：
name ‘nx’ is not defined

需先運行代碼

import networkx as nx

4.name ‘plt’ is not defined

報錯：
name ‘plt’ is not defined

需先運行代碼

import matplotlib.pyplot as plt

5.繪制具有20個節點的Watts-Strogatz圖

代碼：

g =nx.random_graphs.watts_strogatz_graph (0.5,2,20)

報錯：
NetworkXError: k>=n, choose smaller k or larger n

修改后的代碼：

g =nx.random_graphs.watts_strogatz_graph (20,2,0.5)

6.用G.degree.values()獲取所有節點的度數

報錯：
‘DegreeView’ object has no attribute ‘values’

報錯原因：
pyhton NetworkX 1.X遷移到NetworkX 2.0版本問題
遷移指南網址：
https://networkx.github.io/documentation/stable/release/migration_guide_from_1.x_to_2.0.html

解決代碼：

import networkx as nx
import matplotlib.pyplot as plt

G = nx.read_adjlist("107.edges") 
pos = nx.spring_layout(G)
de = dict(G.degree)

#print ("nodes:", G.nodes())
#print ("edges:", G.edges())
print ("number of edges:", G.number_of_edges())  
#print("de",de.values())
# de2下面賦給節點大小
de2 = [de[v] for v in de.keys()]
#print("de2",de2)
nx.draw_networkx(G, pos, node_size=de2, with_labels = False, node_color='#A52A2A', linewidths=None, width=1.0, edge_color ='#858585')

plt.savefig("ha.png")
plt.show()

原文鏈接：
https://blog.csdn.net/weixin_40422360/article/details/90711490

7.name ‘itemgetter’ is not defined

報錯：
NameError: name ‘itemgetter’ is not defined.

報錯原因：
未匯入 operator 模塊

需先運行代碼：

import operator
from operator import itemgetter

8.在matplotlib p中使用多種顏色繪制影像

代碼：

colors = ['r ', 'g ', 'g', 'g', 'g ', 'm ', 'g ', 'r', 'c', 'c']
sizes =[800,300,300,300,300,600,300,800,400,400]
labels = { 0: 'O',1:'1',2: '2',3: '3',4: '4',5: '5',6:'6',7:'7',8 : '8', 9: '9'}
nx.draw_networkx(g, node_color=colors,node_shape='D' , with_labels=True,labels=labels, node_size=sizes)
plt.show ( )

報錯：
‘c’ argument must either be valid as mpl color(s) or as numbers to be mapped to colors. Here c = ['r ', 'g ', ‘g’, ‘g’, 'g ', 'm ', 'g ', ‘r’, ‘b’, ‘b’].

修改后的代碼：
node_color=colors 修改為 color=colors

colors = ['r ', 'g ', 'g', 'g', 'g ', 'm ', 'g ', 'r', 'c', 'c']
sizes =[800,300,300,300,300,600,300,800,400,400]
labels = { 0: 'O',1:'1',2: '2',3: '3',4: '4',5: '5',6:'6',7:'7',8 : '8', 9: '9'}
nx.draw_networkx(g, color=colors,node_shape='D' , with_labels=True,labels=labels, node_size=sizes)
plt.show ( )

9.注意區分networkx中的函式add_node與add_nodes_from

G.add_node(12,13)#TypeError: add_node() takes 2 positional arguments but 3 were given；
G.add_node([12, 13])#TypeError: unhashable type: 'list'
G.add_node((12,13))#成功加入一個編號為(12,13)的節點
G.add_nodes_from([12,13])#成功加入兩個編號為12、13的節點
G.add_edge([(1,2),(3,4)])#TypeError: add_edge() missing 1 required positional argument: 'v'
G.add_edges_from([(1,2),(3,4)])#成功加入邊

10.研究網路常用的資料集

社交網路

GML檔案，《悲慘世界》：小說《悲慘世界》中角色的共同出現加權網路，DE Knuth，《斯坦福GraphBase：組合計算平臺》，Addison-Wesley，馬薩諸塞州雷丁（1993），
GEXF檔案，Hypertext 2009動態聯系網路：Hypertext 2009會議期間的聯系網路，資料來源：Sociopatterns.org，
GEXF檔案，1880/81年級：1880/1881年德國男校的友誼網路，它基于可能是第一個主要收集的社交網路資料集，該資料集由小學老師Johannes Delitsch組裝而成，重新分析并整理了以下文章的資料：Heidler，R.，Gamper，M.，Herz，A.，E?er，F.（2014）：19世紀的關系模式：德國男校的友誼網路從1880年到1881年重新開始，社交網路13：1-1-3，，
GML檔案，扎卡里（Zachary）的空手道俱樂部：1970年代美國大學的一個空手道俱樂部的34名成員之間的社交網路，WW Zachary，《小組沖突與分裂的資訊流模型》，《人類學雜志》 33，452-473（1977），
GML檔案，網路科學的共同作者：M，Newman在2006年5月編輯的從事網路理論和實驗的科學家的共同作者網路，在此可以找到描述該網路最大組成部分的圖，MEJ Newman，物理 E 74，036104（2006），
GEXF檔案，CPAN作者：CPAN Explorer是一個可視化專案，旨在分析開發人員與Perl語言的軟體包（稱為CPAN社區）之間的關系，該快照是由Linkfluence在2009年7月創建的，該檔案包含開發人員網路，當他們使用相同的Perl模塊時，這些鏈接在一起，原始資料可以在這里找到，
GEXF檔案，CPAN發行版：CPAN Explorer是一個可視化專案，旨在分析開發人員與Perl語言的軟體包（稱為CPAN社區）之間的關系，該快照由Linkfluence在2009年7月創建，該檔案包含Perl模塊依賴關系網路，原始資料可以在這里找到，
NET檔案，爵士音樂家網路：爵士音樂家網路的邊緣串列，P.Gleiser和L.Danon，高級 Complex Syst.6，565（2003），
TGZ檔案，Github開源開發人員：請參閱https://github.com/franckcuny/blog/blob/master/posts/2010-03-25-github-explorer.md/
DL檔案，在線社交網路1899節點-Opsahl，T.，Panzarasa，P.，2009，加權網路中的聚類，社交網路31（2），155-163
GEPHI檔案，超級英雄的Marvel社交網路，由巴利阿里群島大學的CescRosselló，Ricardo Alberich和Joe Miro構建，由Infochimps收集，并由Kai Chang進行了轉換和增強，
GDF檔案，漫畫和英雄網路與上面相同的資料，但這包括英雄出現在其中的漫畫，
DOT檔案，Twitter提及并轉發了Twitter網路的某些部分，該檔案會不時更新，
GEXF檔案，小學中的聯絡網路，SocioPatterns團隊，2011年，

生物網路

GEXF，Diseasome：由已知的疾病基因關聯所組成的疾病和疾病基因網路，表明許多疾病的共同遺傳起源，與相似疾病相關的基因在其產物之間表現出較高的物理相互作用可能性，并且其轉錄物具有較高的表達譜相似性，從而支持不同疾病特異性功能模塊的存在，原始資料集可在此處找到：The Human Disease Network，Goh KI，Cusick ME，Valle D，Childs B，Vidal M，BarabásiAL（2007），Proc Natl Acad Sci USA 104：8685-8690
GEXF，C. Elegans神經網路：表示C. Elegans神經網路的有向加權網路，資料由D.Watts和S.Strogatz匯編并在此處提供，請參考DJ Watts和SH Strogatz，《自然》（Nature）393，440-442（1998），原始實驗資料取自JG White，E.Southgate，JN Thompson和S.Brenner，Phil，反式 R. Soc，倫敦314，1-340（1986），
GEXF，酵母：酵母中的蛋白質-蛋白質相互作用網路，原始資料可以在這里找到，

基礎設施網路

GML，電網：代表美國西方國家電網拓撲的無方向，無權網路，資料由D.Watts和S.Strogatz匯編并在此處提供，請參考DJ Watts和SH Strogatz，《自然》（Nature）393，440-442（1998），
GRAPHML，航空公司：來源不明，
NET，US Air97：北美運輸地圖集資料（NORTAD），原始資料可以在這里找到，

其他網路

GEXF，Java代碼：S.Heymann和J.Palmier，2008年，Java程式的源代碼結構，
GEXF，動態Java代碼：S.Heymann＆J.Bilcke，2008年，通過在SVN上提交的演變而實作的Java程式的動態源代碼結構，
GML，單詞鄰接：查爾斯·狄更斯（Charles Dickens）的小說《大衛·科波菲爾》（David Copperfield）中常見形容詞和名詞的鄰接網路，請引述MEJ Newman，Phys，E 74，036104（2006），
NET，Wordnet英語詞典：來源不明，
DOT，抽象網格：331個節點，

原文鏈接：https://github.com/gephi/gephi/wiki/Datasets

11.Module ‘networkx’ has no attribute ‘blockmodel’

代碼：

partition = [[0,1],[2,3],[4,5], [6, 7], [8, 9]]
M = nx.blockmodel(G,partition)

報錯：
Module ‘networkx’ has no attribute ‘blockmodel’

報錯原因：
最新版本的networkx中，blockmodel功能已替換為quotient_graph

修改后的代碼：

partition = [[0,1],[2,3],[4,5], [6, 7], [8, 9]]
M = nx.quotient_graph(G,partition)

12.<generator object all_pairs_shortest_path at 0x0000021B4F4FC390>

代碼：

print(nx.all_pairs_shortest_path(g))

修改后的代碼：

print(list(nx.all_pairs_shortest_path(g)))

13.‘generator’ object is not subscriptable

代碼：

print((nx.all_pairs_shortest_path(g))[1])

報錯：
‘generator’ object is not subscriptable

報錯原因：
新版本的openpyxl使用rows或者columns回傳一個生成器所以可以使用List來解決報錯問題

修改后的代碼：

print(list(nx.all_pairs_shortest_path(g))[1])

14.name ‘xrange’ is not defined

報錯：
NameError:name ‘xrange’ is not defined

報錯原因：
在Python 3中，range()與xrange()合并為range( )

解決辦法：
將xrange( )函式全部換為range( )，