我有一個像這樣的資料框（稱為“myfile”）：
P3170.Tp2 P3189.Tn10 C453.Tn7 F678.Tc23 P3170.Tn10
gene1 0.3035130 0.5909081 0.8918271 0.2623648 0.13392672
gene2 0.2542919 0.5797730 0.4226669 0.9091961 0.96056308
gene3 0.9923911 0.4318736 0.7020107 0.1936181 0.58723105
gene4 0.4113318 0.1239206 0.4091794 0.8196982 0.54791214
gene5 0.4095719 0.6392045 0.4416208 0.8853356 0.01008299
我有一個有趣的字串串列（稱為“interesting.list”），如下所示：
interesting.list <- c("P3170", "C453")
我想使用這個interesting.list 并通過列標題的部分字串匹配來對myfile 進行子集。
ss.file <- NULL
for (i in 1:length(interesting.list)){
ss.file[[i]] <- myfile[,colnames(myfile) %like% interesting.list[[i]]]
}
但是，此回圈在運行后不提供列標題。由于我有一個龐大的資料集（超過 30000 行），因此很難手動實作列名。有沒有更好的方法來做到這一點？
uj5u.com熱心網友回復：
# Specify `interesting.list` items manually
df[,grep("P3170|C453", x=names(df))]
#> P3170.Tp2 C453.Tn7 P3170.Tn10
#> 1 1 3 5
# Use paste to create pattern from lots of items in `interesting.list`
il <- c("P3170", "C453")
df[,grep(paste(il, collapse = "|"), x=names(df))]
#> P3170.Tp2 C453.Tn7 P3170.Tn10
#> 1 1 3 5
示例資料：
n <- c("P3170.Tp2" , "P3189.Tn10" ,"C453.Tn7" ,"F678.Tc23" ,"P3170.Tn10")
df <- data.frame(1,2,3,4,5)
names(df) <- n
Created on 2021-10-20 by the reprex package (v2.0.1)
uj5u.com熱心網友回復：
除了這個問題，你還需要考慮很多事情；如果一個專案interesting.list回傳多個匹配怎么辦，如果沒有找到匹配怎么辦，等等。
鑒于您的資料，這是一種方法：
nms <- colnames(myFile)
matchIdx <- unlist(lapply(interesting.list, function(pattern) {
matches <- which(grepl(pattern, nms, fixed = TRUE))
# If more than one match is found, only return the first
if (length(matches) > 1) matches[1] else matches
}))
myFile[, matchIdx, drop = FALSE]
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