在ggplot2中使用填充時如何指定顏色，以及如何將p值列印到圖上？

我有以下資料集：

structure（list(Isodecoder = c("Val"/span>。  "Leu",  "Ile"。  "Arg", "Ser", "Ser" ,  
"Ala"）。  反義詞 = c("AAC"。  "AAG",  "AAT"。  "ACG", "AGA", "AGC"
), baseMean = c(16330。 2876073118, 280025. 429470444, 47222.9145508434,  
639520.228162813, 591.699871418142,  194550. 678700214）。  log2FC = c(/span>0. 241812205124871, 
0.062182487534649,/span> -0. 912898805851376, 0. 414430653693951, -0.547252664766089,< 
-0. 576581451007797）。  lfcSE = c(/span>0. 330123826005643, 0.0835105091511506, 
0.193443262487333, 0. 258705563545134, 0.211263611125761, 0.249830083859411
), stat = c（0. 732489405719955, 0. 744606734729653, -4.71920703834881,< 
1.60193947132354, -2. 59037825705024, -2. 30789439806721）。  pvalue = c（0. 463869906720502, 
0.45650949539292, 2.36765754572021e-06,  0. 109168994996796, 0.00958705250629343, 
0. 0210050107216242）。  FDR = c（0。 585940934804845, 0.585940934804845, 
1.7165121174307e-05, 0. 201542759994085, 0.030678568020139, 0.0591953931677063
）。  標簽 = c("Val-AAC"/span>。  "Leu-AAG", "Ile-AT"。  "Arg-ACG", "Ser-AGA","Ala-AGC"）。  擺動 = c("AT_wobble"。  "AT_wobble", "AT_wobble","AT_wobble", "AT_wobble"。  "AT_wobble")),行。 names = c(NA, 6L
), class = "data. frame")

我在一個大的回圈中把這些繪制成條形圖。我的條形圖函式是：

我的條形圖函式是：

我使用fill = wobble來給擺動位置著色。在AT_wobble和GC_wobble都存在的柱狀圖中...... AT_wobble的顏色為紅色，GC_wobble的顏色為藍色/綠松石色。我怎樣才能確保GC_wobble在單獨繪制的條形圖中保持藍色/綠松石色呢

順便說一下......我所說的藍色和紅色是指未指定時的標準R顏色輸出

附件是我所說的例子：

Leu是完美的，但我希望像Pro這樣的地塊在GC_wobble中保持藍色/綠松石色。

另外，我已經指定所有的FDR > 0.05應該在柱狀圖的頂部列印ns [ifelse(FDR < 0.05, "*", "ns")]。有沒有一種方法可以將實際的FDR數字列印到小數點后4位？我試過很多方法，但都很混亂。

謝謝！

uj5u.com熱心網友回復：

你需要添加scale_fill_manual。請看下面。

tRNA_barplot < - ggplot(data = df2,  aes(x = Label,  y = log2FC, fill = wobble,  標簽 = ifelse(FDR <  0. 05, "*"。  "ns")) 
  geom_bar(stat = "identity") 
  geom_text(vjust = 0。  nudge_y = ifelse(df2$log2FC <  0, -1。  1）。 大小= ifelse(df2$FDR <  0. 05, 6。  4）） 
  xlab("Isoacceptor")/span> 
  ylab(運算式(粘貼(Log[2]/span>。 "FC"。 sep="")) >
  #ylim(c(-5, 5)) 
  theme_bw() 
  主題(axis.text. x = element_text(size = 12。 角= 45。  hjust = 1）， plot. margin = margin(0。 5,0.5,0。 5,2。  "cm"）,軸。 title = element_text（size = 12）） 
  scale_fill_manual(values = c("AT_wobble" = 5））

uj5u.com熱心網友回復：

下面是解決這兩部分問題的一種方法：

第2部分：使用對geom_text的呼叫列印實際的FDR號碼。注意對y比例的調整，以使FDR文本避免與繪圖的邊界相沖突。

一些其他要點：
a) geom_col()比geom_bar(stat = "identity")更簡單
。 b) 對expression()的呼叫不需要包括paste，請查看?plotmath
。 c) 使用ifelse條件陳述句來調整星號的大小，用于呼叫size

。
library（ggplot2）

col_GC_wobble <-尺度:: hue_pal()(2）[[2]]

規模:: hue_pal()(2）[2]
#> [1] "#00BFC4"/span>

ggplot(df2, aes(x = Label。  y = log2FC。 填充=擺動）） 
  geom_col() 。
  geom_text(aes(label = ifelse(FDR <  0. 05, "*"。  round（FDR。  4))),
            vjust = ifelse(df2$log2FC <  0, 1, -0。 2),
            size = ifelse(df2$FDR < 0。 05, 10。  4）） 
  scale_fill_manual(values = col_GC_wobble) 
  scale_y_continuous(expand = expansion(mult = 0。 1)) 
  xlab("Isoacceptor")/span> 
  ylab(運算式（Log[2]~FC）） 
  theme_bw() .
  主題(axis.text. x = element_text(size = 12。 角= 45。  hjust = 1）,
        plot.margin = margin(0。 5,0.5,0。 5,2。  "cm"）, 
        軸。 title = element_text（size = 12）） 
  ggtitle("Fed vs Starved - tRNA LFCs"/span>)

^{創建于2021-09-18，由reprex軟體包（v2.0.0）創建}

標籤：

上一篇：在多個頁面上保存圖表（面）。

下一篇：二元變數的散點圖(ggplot)