從資料框轉換串列（emmGrid類）

我想將串列轉換為資料框（如下圖）

我確實使用過do.call(rbind.data.frame, contrast)，但是，我得到了這個Error in xi[[j]] : this S4 class is not subsettable。我仍然可以單獨閱讀它們。有人知道這件事嗎？

我在使用包運行 ART anova 測驗時得到的這個串列 ARTool

更新

這是我用來計算和完成模型的原始代碼。

Organism_df_posthoc <- bird_metrics_long_new %>% 
  rbind(plant_metrics_long_new) %>% 
  mutate(Type = factor(Type, levels = c("Forest", "Jungle rubber", "Rubber", "Oil palm"))) %>% 
  mutate(Category = factor(Category)) %>% 
  group_by(Category) %>% 
  mutate_at(c("PD"), ~(scale(.) %>% as.vector())) %>% 
  ungroup() %>% 
  nest_by(n1) %>% 
  mutate(fit = list(art.con(art(PD ~ Category   Type   Category:Type, data = data), 
                                  "Category:Type",adjust = "tukey", interaction = T)))

的輸出fit是我已經展示過的。

uj5u.com熱心網友回復：

使用rbind, 而不是rbind.data.frame, 'emmGrid' 物件有一個特定的方法，它可以通過匹配來直接使用正確的方法，class如果我們只指定rbind

do.call(rbind, contrast)

-輸出

wool tension emmean   SE df lower.CL upper.CL
 A    L         44.6 3.65 48     33.6     55.5
 A    M         24.0 3.65 48     13.0     35.0
 A    H         24.6 3.65 48     13.6     35.5
 B    L         28.2 3.65 48     17.2     39.2
 B    M         28.8 3.65 48     17.8     39.8
 B    H         18.8 3.65 48      7.8     29.8
 A    L         44.6 3.65 48     33.6     55.5
 A    M         24.0 3.65 48     13.0     35.0
 A    H         24.6 3.65 48     13.6     35.5
 B    L         28.2 3.65 48     17.2     39.2
 B    M         28.8 3.65 48     17.8     39.8
 B    H         18.8 3.65 48      7.8     29.8

Confidence level used: 0.95 
Conf-level adjustment: bonferroni method for 12 estimates 

原因是rbind當我們加載時有一個特定的方法emmeans

> methods('rbind')
[1] rbind.data.frame  rbind.data.table* rbind.emm_list*   rbind.emmGrid*    rbind.grouped_df* rbind.zoo*  

創建的示例中的結構與顯示的 OP 結構相匹配

通過使用rbind.data.frame，它不匹配，因為該類已經emmGrid

資料

library(multcomp)
library(emmeans)


warp.lm <- lm(breaks ~ wool*tension, data = warpbreaks)

warp.emmGrid <- emmeans(warp.lm, ~ tension | wool)
contrast <- list(warp.emmGrid, warp.emmGrid)

如果 OP 使用“ARTool”并且列不同，則上述解決方案可能不起作用，因為rbind要求所有物件具有相同的列名。我們可以tibble通過回圈listwith map(from purrr) 并系結它們來轉換為

library(ARTool)
library(purrr)
library(tibble)
map_dfr(contrast, as_tibble)

-輸出

# A tibble: 42 × 8
   contrast estimate    SE    df t.ratio  p.value Moisture_pairwise Fertilizer_pairwise
   <chr>       <dbl> <dbl> <dbl>   <dbl>    <dbl> <fct>             <fct>              
 1 m1 - m2    -23.1   4.12  8.00  -5.61  0.00226  NA                NA                 
 2 m1 - m3    -33.8   4.12  8.00  -8.20  0.000169 NA                NA                 
 3 m1 - m4    -15.2   4.12  8.00  -3.68  0.0256   NA                NA                 
 4 m2 - m3    -10.7   4.12  8     -2.59  0.118    NA                NA                 
 5 m2 - m4      7.92  4.12  8      1.92  0.291    NA                NA                 
 6 m3 - m4     18.6   4.12  8      4.51  0.00849  NA                NA                 
 7 NA           6.83 10.9  24      0.625 0.538    m1 - m2           f1 - f2            
 8 NA          15.3  10.9  24      1.40  0.174    m1 - m3           f1 - f2            
 9 NA          -5.83 10.9  24     -0.533 0.599    m1 - m4           f1 - f2            
10 NA           8.50 10.9  24      0.777 0.445    m2 - m3           f1 - f2            
# … with 32 more rows

資料

data(Higgins1990Table5, package = "ARTool")
m <- art(DryMatter ~ Moisture*Fertilizer   (1|Tray), data=Higgins1990Table5)
a1 <- art.con(m, ~ Moisture)
a2 <- art.con(m, "Moisture:Fertilizer", interaction = TRUE)
contrast <- list(a1, a2)

標籤：r 整理宇宙

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