用陣列陣列顯示熱圖-最終繪圖/影像的問題

我想繪制 imshow 熱圖，但最終影像看起來非常小且不成比例。我的資料表示原子之間測量的距離（一個分子的大約 10 個原子到另一個分子的大約 30 個原子） - 結果是array of arrays。我準備了類似的輸出來說明，但是我的原始資料集更大：

import numpy as np
array1 = np.random.randint(20, size=30)
array2 = np.random.randint(20, size=30)
array3 = np.random.randint(20, size=30)
array4 = np.random.randint(20, size=30)
array5 = np.random.randint(20, size=30)
array6 = np.random.randint(20, size=30)
array7 = np.random.randint(20, size=30)
array8 = np.random.randint(20, size=30)
array9 = np.random.randint(20, size=30)
arrayOfArrays = np.array([array1, array2, array3, array4, array5, array6, array7, array8, array9])

然后我想制作熱圖來查看原子之間的距離，所以這是我的代碼：

import matplotlib.pyplot as plt

fig, ax = plt.subplots()
im = ax.imshow(arrayOfArrays, origin='upper')

#this is here because I use this approach to define xticks and yticks in my original plot  - here I modified the code with "len(range(0,30))" but in my original plot there is number of atoms for which I measured the distances (something like n_atoms=len(dataset1))
n_1=len(range(0,30))
n_2=len(range(0,9))
tick_interval = 1
ax.set_yticks(np.arange(n_2)[::tick_interval])
ax.set_xticks(np.arange(n_1)[::tick_interval])

# colorbar
cbar = fig.colorbar(im)

使用此特定繪圖創建的最終影像看起來已經很小，但帶有原始資料的影像甚至更小，我根本看不到里面的顏色。

我真的很感激任何建議問題出在哪里或應該編輯代碼的哪一部分？我試圖編輯圖片的大小，添加“插值”，“ascpect”...

uj5u.com熱心網友回復：

我喜歡 TomiOck 的答案，但我相信 JohanC 是正確的，因為您有一個資料集，其中的列多于行。這可以通過添加aspect='auto'到imshow命令來解決。

這是我的嘗試：

import numpy as np
nrows = 9
ncols = 30
minv = 0 # inclusive
maxv = 20 # exclusive
arrayofArrays = np.random.randint(low=minv, high=maxv, size=(nrows,ncols))

您可以在numpy一行中生成隨機資料。

import matplotlib.pyplot as plt

fig, ax = plt.subplots(figsize=(14,8)) # width and height in inches
im = ax.imshow(arrayOfArrays, origin='upper', aspect='auto', interpolation='None')

n_1 = np.arange(ncols)
n_2 = np.arange(nrows)
tick_interval = 1
ax.set_yticks(n_2[::tick_interval])
ax.set_xticks(n_1[::tick_interval])

# colourbar
cbar = fig.colorbar(im)

該aspect='auto'拉伸你的影像，使得它填補了身影。我還建議使用interpolation='None'絕對確定 matplotlib 不會改變太多顏色（

uj5u.com熱心網友回復：

首先，沒有必要像那樣創建陣列。相反，您可以使用串列理解將所有內容放在一行中：

arrayOfArrays = np.array([np.random.randint(20, size=30) for _ in range(9)])

我知道您可能正在使用資料集，但是，這對于隨機創建資料很有用：3

您的代碼中還有一些其他冗余，您可以使用

np.arange(30)

而不是使用

n_1 = len(range(0,30))
np.arange(n_1)

創建一個從 0 到 30 的整數串列

Matplotlib 圖形調整大小： 您可以調整圖形的大小，繪制的所有內容

fig.size_in_inches(10, 10)

當我在你的代碼中插入這一行并在 google colab 中運行它時，輸出如下：

如果要調整顏色條的大小，請使用 中的shrink引數，fig.colorbar輸出值為 0.3：

這是所有更改的代碼：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

arrayOfArrays = np.array([np.random.randint(20, size=30) for _ in range(9)])

fig, ax = plt.subplots()
im = ax.imshow(arrayOfArrays, origin='upper')

n_1=30
n_2=9
tick_interval = 1
ax.set_yticks(np.arange(n_2)[::tick_interval]) # using np.arange directly
ax.set_xticks(np.arange(n_1)[::tick_interval])

fig.set_size_inches(10, 10) # setting figure size

# colorbar
cbar = fig.colorbar(im, shrink=0.3) # shrink parameter to adjust the size of colorbar 

uj5u.com熱心網友回復：

您也可以使用plt.pcolormesh()來做與 Scientist 的回答類似的事情，除非您不必擔心您的縱橫比。默認情況下，imshow將塊設為方形，就像影像中的像素一樣。

代碼改編自科學家：

nrows = 9
ncols = 30
minv = 0 # inclusive
maxv = 20 # exclusive
arrayofArrays = np.random.randint(low=minv, high=maxv, size=(nrows,ncols))

fig, ax = plt.subplots(figsize=(14,8)) # width and height in inches
im = ax.pcolormesh(arrayofArrays)

n_1 = np.arange(ncols)
n_2 = np.arange(nrows)
tick_interval = 1
ax.set_yticks(n_2[::tick_interval])
ax.set_xticks(n_1[::tick_interval])

# colourbar
cbar = fig.colorbar(im)

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