#!/bin/bash
set -o errexit
set -o nounset
#VAF_and_IGV_TAG
paste <(grep -v "^#" output/"$1"/"$1"_Variant_Filtering/"$1"_GATK_filtered.vcf | cut -f-5) \
<(grep -v "^#" output/"$1"/"$1"_Variant_Filtering/"$1"_GATK_filtered.vcf | cut -f10-| cut -d ":" -f2,3) |
sed 's/:/\t/g' |
sed '1i chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP'|
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{sub(/,/,"\t",$6);print}' \
> output/"$1"/"$1"_Variant_Annotation/"$1"_VAF.tsv
如果我在終端中運行它而不使用變數它顯示沒有語法錯誤，我上面的代碼最終會出現語法錯誤
sh Test.sh S1 Test.sh：6：Test.sh：語法錯誤：“（”意外
paste <(grep -v "^#" output/S1/S1_Variant_Filtering/S1_GATK_filtered.vcf | cut -f-5) \
<(grep -v "^#" output/S1/S1_Variant_Filtering/S1_GATK_filtered.vcf | cut -f10-| cut -d ":" -f2,3) |
sed 's/:/\t/g' |
sed '1i chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP'|
awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{sub(/,/,"\t",$6);print}' \
> output/S1/S1_Variant_Annotation/S1_VAF.ts
我的 vcf 檔案如下所示：https ://drive.google.com/file/d/1HaGx1-3o1VLCrL8fV0swqZTviWpBTGds/view?usp=sharing
uj5u.com熱心網友回復：
不能使用<(command)，如果你想運行在此代碼行程替換sh。不幸的是，沒有優雅的方法來避免臨時檔案（或者更可怕的東西），但是您的paste命令 - 實際上是整個管道 - 似乎很容易重構為 Awk 腳本。
#!/bin/sh
set -eu
awk -F '\t' 'BEGIN { OFS=FS;
print "chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP' }
!/#/ { p=$0; sub(/^([^\t]*\t){9}/, "", p);
sub(/^[:]*:/, "", p); sub(/:.*/, "", p);
sub(/,/, "\t", p);
s = sprintf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s", $1, $2, $3, $4, $5, p);
gsub(/:/, "\t", s);
print s
}' output/"$1"/"$1"_Variant_Filtering/"$1"_GATK_filtered.vcf \
> output/"$1"/"$1"_Variant_Annotation/"$1"_VAF.tsv
在無法訪問 VCF 檔案的情況下，我無法對此進行測驗，但至少它應該為如何進行提供一個總體方向。
uj5u.com熱心網友回復：
sh不支持bash行程替換<()。移植它的最簡單方法是寫出兩個臨時檔案，并在完成后通過陷阱洗掉它們。更好的選擇是使用足夠強大的工具（即 sed）來執行所需的過濾和操作：
#!/bin/sh
header="chr\tstart\tend\tref\talt\tNormal_DP_VCF\tTumor_DP_VCF\tDP"
field_1_to_5='\(\([^\t]*\t\)\{5\}\)' # \1 to \2
field_6_to_8='\([^\t]*\t\)\{4\}[^:]*:\([^,]*\),\([^:]*\):\([^:]*\).*' # \3 to \6
src="output/${1}/${1}_Variant_Filtering/${1}_GATK_filtered.vcf"
dst="output/${1}/${1}_Variant_Variant_Annotation/${1}_VAF.tsv"
sed -n \
-e '1i '"$header" \
-e '/^#/!s/'"${field_1_to_5}${field_6_to_8}"'/\1\4\t\5\t\6/p' \
"$src" > "$dst"
如果您使用的是 awk（或 perl、python 等），只需將腳本移植到該語言即可。
順便說一句，所有這些重復$1建議您應該重新制定檔案命名標準。
轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/yidong/378755.html
下一篇：用sed洗掉兩個單詞之間的資料