使用 Linux bash 命令列，我需要在檔案 2 的指定部分內合并兩個填充，集成檔案 1 的多個副本。檔案 1 如下所示：
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
檔案 2 是一個多塊，其中單獨的部分由模型 1、模型 2、模型 N 定義并由 ENDDML 分隔：
MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
MODEL 2
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
MODEL 3
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ENDMDL
我需要將檔案 1 的所有內容多次復制到分隔符之前的檔案 2 中ENDMDL（在第二個檔案中），從而將檔案 1 的多個副本集成到檔案 2 中。以下是預期輸出的示例：
MODEL 1
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
MODEL 2
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
MODEL 3
REMARK VINA RESULT: -7.828 0.000 0.000
REMARK INTER INTRA: -13.769
REMARK INTER: -10.110
REMARK INTRA: -3.659
REMARK UNBOUND: -3.196
ATOM 1 N SER A 1 -2.390 4.343 -17.003 1.00 27.76 N1
ATOM 2 CA SER A 1 -2.066 5.647 -16.370 1.00 27.12 C
ATOM 3 C SER A 1 -2.394 5.608 -14.874 1.00 26.29 C
ATOM 4 O SER A 1 -3.014 4.627 -14.405 1.00 22.93 O
ATOM 5 CB SER A 1 -2.771 6.798 -17.057 1.00 28.10 C
ATOM 6 OG SER A 1 -2.538 8.023 -16.373 1.00 32.02 O
ATOM 7 N GLY A 2 -1.982 6.655 -14.162 1.00 25.31 N
ATOM 8 CA GLY A 2 -2.172 6.779 -12.716 1.00 24.93 C
ATOM 9 C GLY A 2 -0.888 6.336 -12.067 1.00 23.66 C
ATOM 10 O GLY A 2 -0.168 5.459 -12.608 1.00 27.42 O
ATOM 11 N PHE A 3 -0.636 6.866 -10.900 1.00 22.07 N
ATOM 12 CA PHE A 3 0.622 6.595 -10.191 1.00 21.70 C
ATOM 13 C PHE A 3 0.279 6.570 -8.716 1.00 20.39 C
ATOM 14 O PHE A 3 -0.265 7.544 -8.167 1.00 23.83 O
ENDMDL
我曾嘗試使用 cat 但它只是將兩個檔案融合在一起而無需復制第一個檔案：
cat file1.pdb file2.pdb > together.pdb
我需要將它傳遞給 grep 的某個運算式，以便將 file1 復制到檔案 2 的 ENDMDL 之前的位置嗎？
uj5u.com熱心網友回復：
這是一個不呼叫 unsafesystem或的 awk 解決方案getline：
awk 'NR==FNR {s = s $0 ORS; next} $0 == "ENDMDL" {$0 = s $0} 1' file1 file2
如果要傳遞 shell 變數名稱，請使用：
awk 'NR==FNR {s = s $0 ORS; next}
$0 == "ENDMDL" {$0 = s $0} 1' "$file1" "$file2"
uj5u.com熱心網友回復：
使用awk.
awk '/^ENDMDL$/ {system("cat file1.pdb");}; {print}' file2.pdb
from 的每一行都file2被寫入標準輸出，但是當該行匹配 時ENDMDL，file1首先輸出的全部內容。
一些替代方案：
- 替換
/^ENDMDL$/為$0 == "ENDMDL" - 替換
{print}為1。（如果沒有明確的模式，則執行操作。如果沒有明確的操作，則列印當前行。）
uj5u.com熱心網友回復：
另一個 awk 解決方案：
awk '
BEGIN {
FS = ""
RS = "^$"
getline contents < ARGV[2]
close(ARGV[2])
ARGV[2] = ""
RS = "\n"
}
/^ENDMDL$/ { printf "%s", contents }
{ print }
' file1 file2
轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/yidong/407357.html
標籤：
上一篇：Shell腳本：單引號轉義