我在字典中有以下 fasta 檔案，形狀如下：
from Bio import SeqIO
alignment_file = '/Users/dissertation/Desktop/Alignment 4 sequences.fasta'
seq_dict = {rec.id : rec.seq for rec in SeqIO.parse(alignment_file, "fasta")}
這給了我以下輸入：
{'NC_000962.3': Seq('ctgttaccgagatttcttcgtcgtttgttcttggaaagacagcgctggggatcg...NNN'),
'NC_008596.1': Seq('------------------------------------------------------...ccg'),
'NC_009525.1': Seq('ctgttaccgagatttcttcgtcgtttgttcttggaaagacagcgctggggatcg...NNN'),
'NC_002945.4': Seq('ctgttaccgagatttcttcgtcgtttgttcttggaaagacagcgctggggatcg...NNN')}
這里唯一的問題是我想替換鍵名，而不是在將序列與我的代碼的其他部分進行比較時更容易識別。所以我嘗試了以下方法：
name_list = ['Tuberculosis', 'Smegmatis', 'H37Ra', 'Bovis']
for key in seq_dict:
for name in name_list:
seq_dict[name[x]]= seq_dict[key]
seq_dict
但是我收到以下錯誤：
---------------------------------------------------------------------------
RuntimeError Traceback (most recent call last)
/var/folders/pq/ghtv3wj159j681vy0ny3tz9w0000gp/T/ipykernel_47822/1486954832.py in <module>
9
---> 10 for key in seq_dict:
11 for name in name_list:
12 seq_dict[name[x]]= seq_dict[key]
RuntimeError: dictionary changed size during iteration
我知道更新字典中的鍵名值并不是一種簡單直接的方法，但我不明白這個錯誤。有沒有辦法做類似的事情？
我也試過這個：
seq_dict.update({'NC_000962.3': 'Tuberculosis', 'NC_008596.1': 'Smegmatis', 'NC_009525.1': 'H37Ra', 'NC_002945.4': 'Bovis'})
但這給了我以下輸出：
{'NC_000962.3': 'Tuberculosis',
'NC_008596.1': 'Smegmatis',
'NC_009525.1': 'H37Ra',
'NC_002945.4': 'Bovis'}
我的愿望輸出如下所示：
{'Tuberculosis': Seq('ctgttaccgagatttcttcgtcgtttgttcttggaaagacagcgctggggatcg...NNN'),
'Smegmatis': Seq('------------------------------------------------------...ccg'),
'H37Ra': Seq('ctgttaccgagatttcttcgtcgtttgttcttggaaagacagcgctggggatcg...NNN'),
'Bovis': Seq('ctgttaccgagatttcttcgtcgtttgttcttggaaagacagcgctggggatcg...NNN')}
有人知道如何更新這些嗎？
uj5u.com熱心網友回復：
構造一個新字典，然后seq_dict在單個操作中將其分配給它，而不是seq_dict在迭代它的程序中進行變異。我認為這就是您的目標：
seq_dict = dict(zip(name_list, seq_dict.values()))
盡管我個人希望有一個從序列 ID 到名稱的顯式映射，而不是依賴于相同的順序。
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