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在OpenMPI中使計算節點中的所有處理器讀取相同的記憶體塊

2022-04-29 17:24:04 移動端開發

我想使用 OpenMPI 和 C 在計算集群中運行數值模擬。但是,每個處理器都有一個A恒定且相等的大矩陣。為了避免分配過多不必要的記憶體,我想將具有共享記憶體的處理器(即它們在同一個計算節點中)分組,并且每個節點 malloc 中只有一個處理器并設定那個大矩陣A然后節點中的所有其他處理器應該能夠讀取該矩陣。

另一個問題正是我需要的,但它在 Fortran 中。我接受了它的答案并用 C 制作了一個原型,但它沒有按預期作業。由于我無法理解的原因,回傳的記憶體地址MPI_Win_allocate_shared偏移了1個位移單位。請參見下面的代碼:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>

int
main ()
{
    MPI_Init(NULL, NULL);
    int num_processors;
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &num_processors);
    int proc_global_rank;
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &proc_global_rank);

    // Split de global communicator, grouping by shared memory
    MPI_Comm compute_comm;
    MPI_Comm_split_type(MPI_COMM_WORLD, MPI_COMM_TYPE_SHARED, 0, MPI_INFO_NULL, &compute_comm);
    int proc_compute_rank;
    MPI_Comm_rank(compute_comm, &proc_compute_rank);

    // Create the window
    const int ARRAY_SIZE = 1;
    int* shared_data;
    MPI_Aint shared_data_size;
    if (proc_compute_rank == 0) {
        shared_data_size = ARRAY_SIZE * sizeof(int);
    } else {
        shared_data_size = 0;
    }
    int disp_unit = sizeof(int);
    MPI_Win window;
    MPI_Win_allocate_shared(shared_data_size, disp_unit, MPI_INFO_NULL, compute_comm, &shared_data, &window);
    if (proc_compute_rank == 0) {
        shared_data[0] = -10;
    }
    // get the location of the shared memory segment
    if (proc_compute_rank != 0) {
        MPI_Win_shared_query(window, 0, &shared_data_size, &disp_unit, shared_data);
    }
    MPI_Win_fence(0, window);  // wait for shared variables to be ready to be used
    MPI_Barrier(compute_comm);
    printf("rank %d, value[0] = %d\n", proc_compute_rank, shared_data[0]);  // prints a wrong value
    printf("rank %d, value[-1] = %d\n", proc_compute_rank, shared_data[-1]);  // prints correct value
    // do calculations...
    MPI_Win_fence(0, window);  // wait for shared variables to be no longer needed
    MPI_Barrier(compute_comm);
    MPI_Win_free(&window);
    MPI_Finalize();
    return EXIT_SUCCESS;
}

uj5u.com熱心網友回復:

代碼中的真正問題是您傳遞了一個int*to MPI_Win_query,但是該呼叫需要設定指標,因此您需要傳遞一個int**, 在您的情況下意味著&shared_data

可能存在第二個問題:通過顯式設定視窗緩沖區的內容,您正在假設“統一記憶體模型”,這很可能是這種情況。如有疑問,請測驗

MPI_Win_get_attr(the_window,MPI_WIN_MODEL,&modelstar,&flag); 

并確保該引數不是MPI_WIN_SEPARATE,在這種情況下,您必須MPI_Put將資料放入視窗。

順便說一句,您對獲得不同地址的行程進行了觀察。即使您修復了與號錯誤,這也將保持真實!程式員所認為的地址只是一個邏輯地址,它被“頁表”翻譯成物理地址但是每個行程都有自己的頁表,因此相同的物理地址將在行程中轉換為不同的邏輯地址,因此,是的,即使您有正確的指標,您也會得到不同的列印十六進制地址。

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/yidong/467415.html

標籤:C mpi 集群计算

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