！！！如果你不是小白請跳過這篇文章！！！

開始啦！！！
最近在學習使用北師大研發的PANDA管道工具處理資料，在此記錄及回顧整個程序中遇到的問題，以幫自己鞏固學習，也為以后像我這樣的小白提供參考，在CSDN有很多優秀的博主也分享了自己的經驗，作為小白而言，下面所寫可能并非完全正確，如有錯誤請各位大佬指教！！！

首先，介紹一下PANDA，它是一個基于FSL研發的DTI資料分析軟體，在學習使用這個管道工具的程序中，我大部分的時間都花費在下載軟體、安裝軟體和系統環境變數搭建上，如果這部分你做好了，那么跑資料就相對簡單一些，當然不排除還是會出現一些小問題，畢竟這個軟體已經好幾年沒有維護了，迫切希望廣大能人貢獻出自己的一份力量更新這個軟體，為我們這些苦逼的醫學僧提供一點幫助，
因為這些軟體都需要unix系統，所以windows系統的童鞋們要不裝虛擬機要不就換電腦了，我在MacOS及Linux系統上都嘗試過了，所以接下來我將分兩部分記錄📝
因為Mac是Unix系統，所以我一開始是沒裝虛擬機直接用Mac嘗試的，
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最初嘗試版：Mac版

系統：MacOS Catalina 10.15.7
MATLAB: 2020a （Mac版本，有需要可以關注蘋果軟體庫自行下載安裝）
FSL官網鏈接：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
PANDA官方軟體下載地址：https://www.nitrc.org/frs/?group_id=582

第一步，我先安裝MATLAB，安裝教程那個公眾號是有的，所以這一步我還是蠻順利的，比較大的難題可能就是軟體有點大，下載速度堪憂，如果在天翼云盤的話還好，在百度網盤的話就要下很久了因為限速，

第二步，重頭戲！！！我去上面所說的FSL官網下載安裝，打開鏈接如下（看到一堆英文，我反正是吐了，勸退第一步）然后點擊Download/install，就見到圖2的界面，這個界面其實就是一個安裝教程，Mac的話想下載安裝FSL要先安裝一個叫XQuartz的玩意，然后再下載一個Python腳本，之后在終端運行這個腳本就可自行下載安裝了，這個腳本是基于Python2寫的，所以要檢查自己的電腦有沒有安裝Python2，一般來說Mac都是原生安裝有的，只要去終端檢查一下有沒有就行，沒有的話就自己下一個，

下載完腳本之后，cd到你下載這個腳本所在的目錄，比如我是放在‘downloads’這里的就在終端輸入以下命令

cd ~/downloads 

然后再輸入下面這個命令運行這個腳本

Python2 fslinstaller.py

如下圖，因為我已經安裝了，所以這就提示我是否重新安裝，如果你沒安裝的話它出現提示你就按回車確認，就默認安裝路徑這些就行，然后一直等他下載安裝完吧，差不多3g，，，我安了好幾個小時都沒得，你們看命吧，當然你有梯子的話當我沒說，反正我最后是靠我舍友決議腳本找到下載鏈接在迅雷下的離線包，然后再安裝離線包，但是這種方法很容易出現問題，比如我離線包安裝的時候就一直出現報錯，Miniconda不存在，所以我還是推薦腳本安裝，爆哭，（期間經歷的各種報錯可以看之前我分享的我舍友寫的那篇）https://my.oschina.net/baytars/blog/4794648

第三步，安裝完了FSL之后就檢查和配置環境變數，在終端分別輸入以下三個命令

echo $FSLDIR

如果發現輸出是空的你可能就是沒有正確安裝fsl需要重裝，如果輸出如下圖你就再輸入后面兩個命令，因為我之前一直報錯fslchfiletype不存在我就順帶檢查了一下，你們可以不用做一步，

flirt -version

which imcp

按照FSL官網所說的，imcp那個命令應該是也存在bin目錄下的，但是我發現我的沒有，和我之前說的miniconda安裝不成功有關系，但是我跑PANDA的時候沒有提示這個報錯，所以我就不管了，這個時候我們終端輸入：fsl，會跳出FSL界面，說明已經安裝成功了，

第四步，下載安裝PANDA，到官網https://www.nitrc.org/frs/?group_id=582下載相應系統的最新PANDA，目前最新的就是1.3.1，

下載之后解壓，然后打開MATLAB，添加路徑，如下圖

設定好路徑之后點保存然后在MATLAB的命令列里輸入:PANDA，就可打開PANDA了，如果打開后跳出對話框提示：Please install FSL first !等一串英文，而你之前又確認fsl已經安裝成功，那么你可以嘗試下面這個方法解決該問題，

方法：在MATLAB打開你選擇的PANDA路徑下的PANDA.m檔案，將292行的FSLDIR = getenv(‘FSLDIR’);修改為FSLDIR = ‘/usr/local/fsl’;這里修改路徑就是將其修改為你的FSL的安裝路徑，就是之前輸入命令 echo $FSLDIR 輸出的安裝路徑，

解決好上面的問題之后，再次在MATLAB命令列輸入:PANDA，就會跳出下面這個界面啦，就可以開始準備你的資料開跑了，

然后關于PANDA資料如何輸入，及資料輸出結果的解釋等等這些可以參考這篇優秀的博文 https://blog.csdn.net/qq_33924470/article/details/109125371

下面我就簡單羅列一下我跑資料遇到的報錯

報錯1：錯誤使用 fgets
檔案識別符號無效，使用 fopen 生成有效的檔案識別符號，
出錯 PANDA>RUNButton_Callback (line 842) ShPath = fgets(fid);
出錯 gui_mainfcn (line 95) feval(varargin{:});
出錯 PANDA (line 52) gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
出錯matlab.graphics.internal.figfile.FigFile/read>@(hObject,eventdata)PANDA(‘RUNButton_Callback’,hObject,eventdata,guidata(hObject))
計算 UIControl Callback 時出錯，
解決辦法：這個問題是我只設定了路徑，但是左邊的目錄還是根目錄如下圖紅線所畫的地方，只要把這個目錄調到你的PANDA包的路徑如下圖第二根紅線所畫，之后就不會報錯了，

報錯2：輸入資料的時候一直提示：The input for the 1subject is illegal
解決辦法：每個樣本的DTI資料檔案夾再套上一個檔案夾，不然會出現The input for the 1subject is illegal

報錯3：跑的程序有failed，打開failed job 看了一下報錯說明顯示：command not found fslchfiletype
解決辦法：
方法1：終端輸入命令：export PATH= F S L 安 裝 路 徑 : {FSL安裝路徑}: FSL安裝路徑:PATH
方法2：在MATLAB終端或者MATLAB的start.m腳本里輸入命令：setenv(‘PATH’, [getenv(‘PATH’) ‘:/usr/local/fsl/bin’]);

報錯4：上面報錯2解決之后，還是failed，再次查看報錯說明顯示：bad cpu type in executable:dcm2nii
解決辦法：無解，遂白干一場，轉去Linux Ubuntu重來，人生就是這么悲慘，，，迫切希望如果誰可以解決這個問題請來幫幫我，
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再次嘗試版：Linux版

系統：Linux Ubuntu18.04.1
MATLAB: 2018a （Linux版本，我在CSDN找的）
FSL官網鏈接：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/
PANDA官方軟體下載地址：https://www.nitrc.org/frs/?group_id=582

然后接下來的操作和Mac版是類似的，只是不同作業系統，

1.安裝MATLAB，首先你要找到Linux版本的鏡像安裝包，然后安裝教程安裝，安裝程序我也出現了一些問題，用虛擬機的同學最好就是先把鏡像安裝包先解壓出來，然后再在虛擬機掛載，安裝教程大家可以參考這篇優秀博客https://zhuanlan.zhihu.com/p/56625697

2.安裝FSL，直接在Linux上的火狐瀏覽器打開FSL官網下載安裝，我舍友幫我換成了清華鏡像，用另一種安裝方法，下載速度賊快，很快就安裝成功了，當然也可按照之前Mac版說的腳本安裝方法，

舍友教的方法：首先百度清華鏡像打開清華鏡像頁面，如下圖


然后就是打開終端切換root賬戶

sudo su

按照指示備份原來的源

cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources_init.list

更換源，輸入下面這個命令之后會打開一個文本，就把之前清華鏡像的出來的內容替換掉這個文本

gedit /etc/apt/sources.list

更新源

apt-get update

用Ubuntu的火狐瀏覽器打開FSL官網http://neuro.debian.net/install_pkg.html?p=fsl-complete
打開之后選擇如下圖

然后終端輸入下面的命令配置倉庫

wget -O- http://neuro.debian.net/lists/bionic.cn-bj1.libre | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/neurodebian.sources.list
sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver hkp://pool.sks-keyservers.net:80 0xA5D32F012649A5A9

然后輸入安裝命令

sudo apt install fsl-complete

然后就輸入下面的命令配置環境變數，在打開的文本最后加入. /etc/fsl/fsl.sh

sudo gedit /etc/bash.bashrc

3.安裝好之后就在終端輸入前面所說的那三個命令檢查和配置環境變數

4.下載Linux版本的PANDA，然后在MATLAB設定路徑，和之前是一樣的，

然后就可以開始跑了，最好是在終端打開MATLAB，因為我之前直接快捷方式打開的時候會出問題，然后我終端打開就能跑了，我也不知道是為啥，后面在Linux Ubuntu18.04.1遇到的報錯就少，主要還是跑PANDA程序出現failed，同一資料跑了4，5次在不同的地方出現failed，在知乎請教了一位大佬之后，給他發了email請教了一些問題，主要是關于環境變數和failed的問題，環境變數解決之后，就剩failed的問題了，他說可能是BUG然后讓我多跑幾次就好了，然后我跑了幾次了還是那樣，在不同的地方出現failed，太不穩定了，后續如何解決我還在探索中，希望能來個大佬能幫幫我，萬分感謝！

最后感謝CSDN的大佬和知乎趙匡是以及我的舍友和師姐的指點幫助！！
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長腿猴子請來的救兵
寫于2020年12月18日（一個寒冷的日子）