我有一個包含計數資訊的資料框 (df1)
| 行名 | 樣本1 | 樣本2 | 樣本3 |
|---|---|---|---|
| 米1 | 0 | 5 | 1 |
| 平方米 | 1 | 7 | 5 |
| 立方米 | 6 | 2 | 0 |
| 米4 | 3 | 1 | 0 |
和第二個樣本資訊（df2）
| 行名 | 批 | 總數 |
|---|---|---|
| 樣本1 | 一種 | 10 |
| 樣本2 | 乙 | 15 |
| 樣本3 | 一種 | 6 |
我還有兩個包含有關 m 值資訊的串列（如果需要，可以很容易地將其轉換為另一個資料框，但我寧愿不添加計數資訊，因為它非常大）。不存在模式（例如偶數和奇數），我只是使用了一個非常簡單的例子
x <- c("m1", "m3") 和 y <- c("m2", "m4")
我想做的是在示例資訊中再添加兩列。這是每個樣本的每個 m 的計數，其值大于 5 并出現在串列 x 或 y 中
| 行名 | 批 | 總數 | X | 是 |
|---|---|---|---|---|
| 樣本1 | 一種 | 10 | 1 | 0 |
| 樣本2 | 乙 | 15 | 1 | 1 |
| 樣本3 | 一種 | 6 | 0 | 1 |
我目前的策略是為 x 和 y 制作一個值串列，然后將它們附加到 df2。到目前為止，這是我的嘗試：
numX <- colSums(df1[sum(rownames(df1)>10 %in% x),])并且numX <- colSums(df1[sum(rownames(df1)>10 %in% x),])都回傳一個 0 串列
numX <- colSums(df1[rownames(df1)>10 %in% x,]) 回傳滿足每列條件的計數值總和的串列
numX <- length(df1[rownames(df1)>10 %in% novel,]) 回傳滿足條件的次數（在本例中為 2L）
我不太確定如何解決這個問題，所以我一直在嘗試。我試過尋找答案，但也許我只是在努力尋找正確的措辭。
uj5u.com熱心網友回復：
如何使用 usingdplyr和reshape2::melt
df3 <- df1 %>%
melt %>%
filter(value >= 5) %>%
mutate(x = as.numeric(rownames %in% c("m1", "m3")),
y = as.numeric(rownames %in% c("m2", "m4"))) %>%
select(-rownames, - value) %>%
group_by(variable) %>%
summarise(x = sum(x), y = sum(y))
df2 %>% left_join(df3, by = c("rownames" = "variable"))
rownames batch total_count x y
1 sample1 a 10 1 0
2 sample2 b 15 1 1
3 sample3 a 6 0 1
uj5u.com熱心網友回復：
您可以創建載體命名串列并為每個rownames計數多少個值x和y在各自sample的>= 5。
基本 R 選項 -
list_vec <- list(x = x, y = y)
cbind(df2, do.call(rbind, lapply(df2$rownames, function(x)
sapply(list_vec, function(y) {
sum(df1[[x]][df1$rownames %in% y] >= 5)
}))))
# rownames batch total.count x y
#1 sample1 a 10 1 0
#2 sample2 b 15 1 1
#3 sample3 a 6 0 1
使用tidyverse-
library(dplyr)
library(purrr)
list_vec <- lst(x, y)
df2 %>%
bind_cols(map_df(df2$rownames, function(x)
map(list_vec, ~sum(df1[[x]][df1$rownames %in% .x] >= 5))))
uj5u.com熱心網友回復：
我們可以這樣做 rowwise
library(dplyr)
df2 %>%
rowwise %>%
mutate(x = (sum(df1[[rownames]][df1$rownames %in% x]) >= 5),
y = (sum(df1[[rownames]][df1$rownames %in% y]) >= 5)) %>%
ungroup
-輸出
# A tibble: 3 × 5
rownames batch totalcount x y
<chr> <chr> <int> <int> <int>
1 sample1 a 10 1 0
2 sample2 b 15 1 1
3 sample3 a 6 0 1
或者根據資料，一個base R選項是
out <- aggregate(. ~ grp, FUN = sum,
transform(df1, grp = c('x', 'y')[1 (rownames %in% y)] )[-1])
df2[out$grp] <- (t(out[-1]) >= 5)
-輸出
> df2
rownames batch totalcount x y
1 sample1 a 10 1 0
2 sample2 b 15 1 1
3 sample3 a 6 0 1
資料
df1 <- structure(list(rownames = c("m1", "m2", "m3", "m4"), sample1 = c(0L,
1L, 6L, 3L), sample2 = c(5L, 7L, 2L, 1L), sample3 = c(1L, 5L,
0L, 0L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))
df2 <- structure(list(rownames = c("sample1", "sample2", "sample3"),
batch = c("a", "b", "a"), totalcount = c(10L, 15L, 6L)),
class = "data.frame", row.names = c(NA,
-3L))
轉載請註明出處，本文鏈接：https://www.uj5u.com/ruanti/325890.html