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在R中建模的資料整理

2021-12-15 16:43:18 軟體設計

我有一個# A tibble: 33,478 x 12類似于所附圖片的形式的資料集(原始版本,),以及部分資料:

在 R 中建模的資料整理

dput(head(canals2, n=10))

 structure(list(Site = c(1, 2, 4, 11, 10, 12, 13, 14, 15, 16), 
    `Sample Date` = c("2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", 
    "2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", 
    "2/11/2004", "2/11/2004"), `Analysis code` = c("NH3", "NH3", 
    "NH3", "Chl a", "Chl a", "Chl a", "NH3", "Chl a", "NH3", 
    "NH3"), Analysis = c("Ammonia-Nitrogen", "Ammonia-Nitrogen", 
    "Ammonia-Nitrogen", "Chlorophyll a", "Chlorophyll a", "Chlorophyll a", 
    "Ammonia-Nitrogen", "Chlorophyll a", "Ammonia-Nitrogen", 
    "Ammonia-Nitrogen"), Result = c(0.068, 0.07, 0.014, 1.31, 
    1.39, 1.95, 0.247, 1.46, 0.113, 0.17), Units = c("mg/L", 
    "mg/L", "mg/L", "mg/m3", "mg/m3", "mg/m3", "mg/L", "mg/m3", 
    "mg/L", "mg/L")), row.names = c(NA, -10L), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))

例如,我想嘗試使用線性模型(例如,使用lm()函式)從“氨氮”中預測“葉綠素 a” lm()將列名作為“公式”的輸入,但是這個資料集的生成方式非常不同。我應該Results為每個分析使用列中的值,但我似乎找不到像這樣組織我的資料的好方法。

到目前為止,我嘗試通過分析拆分資料,目的是為每個分析創建一個新的資料框,然后將 替換為Result在該資料框中選擇的分析的名稱。這是我使用的函式(在主資料集上運行它,這就是它包含更多分析名稱的原因):

analysis_list = unique(canals$Analysis)

> analysis_list

1 “氨氮” “葉綠素 a” “糞便大腸菌群”
[4] “比電導” “銅” “溶解氧”
[7] “大腸桿菌” “腸球菌” “亞硝酸鹽 硝酸鹽”
[10] “正磷酸鹽” ” “pH” “鹽度”
[13] “溫度” “總凱氏氮” “總氮”
[16] “總磷” “濁度”

split_an <- function() {
  my_list <- vector(mode = "list", length = 0)
  for (i in 1:17) {
    analysis_var = analysis_list[i]
    my_var <- canals %>% filter(Analysis == analysis_var)
    my_list[[i]] = my_var
    
  }
}

split_an()  

不幸的是,這并沒有按預期作業,而且我在合并我創建的表時遇到了很多問題。我也嘗試了其他方法,但無濟于事。有人愿意提供任何建議嗎?

uj5u.com熱心網友回復:

如果我理解正確,那么聽起來您正在嘗試重組資料以使其成為用于建模的正確形式。我認為使用pivot_wider(from tidyr) 會讓你得到你想要的。這是我所做的:

首先,這是您的資料作為資料框:

Site <- c(1, 2, 4, 11, 10, 12, 13, 14, 15, 16)
Sample_Date <- c("2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", 
"2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004", "2/11/2004")
Analysis_code <- c("NH3", "NH3", "NH3", "Chl a", "Chl a", "Chl a", "NH3", "Chl 
a", "NH3", "NH3")
Analysis <- c("Ammonia-Nitrogen", "Ammonia-Nitrogen", "Ammonia-Nitrogen", 
"Chlorophyll a", "Chlorophyll a", "Chlorophyll a", "Ammonia-Nitrogen", 
"Chlorophyll a", "Ammonia-Nitrogen", "Ammonia-Nitrogen")
Results <- c(0.068, 0.07, 0.014, 1.31, 1.39, 1.95, 0.247, 1.46, 0.113, 0.17)
Units <- c("mg/L", "mg/L", "mg/L", "mg/m3", "mg/m3", "mg/m3", "mg/L", "mg/m3", 
"mg/L", "mg/L")

   Site Sample_Date Analysis_code         Analysis Results Units
1     1   2/11/2004           NH3 Ammonia-Nitrogen   0.068  mg/L
2     2   2/11/2004           NH3 Ammonia-Nitrogen   0.070  mg/L
3     4   2/11/2004           NH3 Ammonia-Nitrogen   0.014  mg/L
4    11   2/11/2004         Chl a    Chlorophyll a   1.310 mg/m3
5    10   2/11/2004         Chl a    Chlorophyll a   1.390 mg/m3

接下來,我們將申請pivot_wider傳播Analysis變數。這將為您擁有的每種Analysis型別留下一列,以及它們各自的Results值。

#spread the analysis variable
new_df <- df %>%
  pivot_wider(names_from = "Analysis", values_from = "Results")

    Site Sample_Date Analysis_code Units `Ammonia-Nitrogen` `Chlorophyll a`
   <dbl> <chr>       <chr>         <chr>              <dbl>           <dbl>
 1     1 2/11/2004   NH3           mg/L               0.068           NA   
 2     2 2/11/2004   NH3           mg/L               0.07            NA   
 3     4 2/11/2004   NH3           mg/L               0.014           NA   
 4    11 2/11/2004   Chl a         mg/m3             NA                1.31
 5    10 2/11/2004   Chl a         mg/m3             NA                1.39

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/ruanti/381268.html

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