如何在回圈中不使用do命令兩次執行命令-有解無憂

這些是我的檔案

KIMS2021-01_R1.fastq.gz  KIMS2021-05_R1.fastq.gz  SRR1734376_1.fastq.gz  SRR6006897_1.fastq.gz  SRR6006901_1.fastq.gz  SRR6006905_1.fastq.gz
KIMS2021-01_R2.fastq.gz  KIMS2021-05_R2.fastq.gz  SRR1734376_2.fastq.gz  SRR6006897_2.fastq.gz  SRR6006901_2.fastq.gz  SRR6006905_2.fastq.gz
KIMS2021-02_R1.fastq.gz  KIMS2021-06_R1.fastq.gz  SRR1734377_1.fastq.gz  SRR6006898_1.fastq.gz  SRR6006902_1.fastq.gz  SRR6006906_1.fastq.gz
KIMS2021-02_R2.fastq.gz  KIMS2021-06_R2.fastq.gz  SRR1734377_2.fastq.gz  SRR6006898_2.fastq.gz  SRR6006902_2.fastq.gz  SRR6006906_2.fastq.gz
KIMS2021-03_R1.fastq.gz  SRR1734374_1.fastq.gz    SRR6006895_1.fastq.gz  SRR6006899_1.fastq.gz  SRR6006903_1.fastq.gz
KIMS2021-03_R2.fastq.gz  SRR1734374_2.fastq.gz    SRR6006895_2.fastq.gz  SRR6006899_2.fastq.gz  SRR6006903_2.fastq.gz
KIMS2021-04_R1.fastq.gz  SRR1734375_1.fastq.gz    SRR6006896_1.fastq.gz  SRR6006900_1.fastq.gz  SRR6006904_1.fastq.gz
KIMS2021-04_R2.fastq.gz  SRR1734375_2.fastq.gz    SRR6006896_2.fastq.gz  SRR6006900_2.fastq.gz  SRR6006904_2.fastq.gz

為了獲得每一對的統一檔案名，我從我之前的問題中得到了這個答案，這是

for i in $(echo *.fastq*.gz); do echo ${i%_*}; done | uniq

獲得統一檔案名后我想使用的最終命令

for i in $(ls *.fastq*.gz); do echo ${i%_*}; done | uniq; do STAR --runMode alignReads --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --runThreadN 30 --genomeDir /run/media/punit/data3/Santosh_star_index --readFilesIn  <(gunzip -c ${i}_R1.fastq.gz ${i}_R2.fastq.gz ) --outFileNamePrefix ${i%};done

現在我明白我不能do 在回圈中使用兩次

如何在不使用do兩次的情況下將統一檔案名傳遞給我的命令

uj5u.com熱心網友回復：

來自我之前的問題，這是

首先，讓我們修復它！不要做：

for i in $(anything); do

做就是了：

for i in *.fastq*.gz; do

如何將統一檔案名傳遞給我的命令

Shell 最重要的是與管道一起作業 |。一個命令的輸出是另一個命令的輸入 - 就像在您的管道中一樣，for回圈的輸出是uniq.

讀取 uniq 的輸出。

for i in *.fastq*.gz; do echo "${i%_*}"; done |
   uniq |
   while IFS= read -r file; do stuff with "$file"; done

使用 shellcheck.net 檢查您的腳本。見https://mywiki.wooledge.org/BashFAQ/001

作為一名生物學家，這對我來說很痛苦，我確實挖掘了腳本的基本細微差別，我的簡單解決方案是，如果我將它們作為兩組運行

當然！我經常在互動式腳本撰寫時這樣做。

tmp=$( for i in *.fastq*.gz; do echo "${i%_*}"; done )
tmp=$( uniq <<<"$tmp" )   # or tmp=$( echo "$tmp" | uniq )
tmp=$( echo "$tmp" | while IFS= read -r file; do stuff with "$file"; done )
echo "$tmp"

記住 qoutes "！<<<"stuff"作業原理<file- 將的內容"stuff"輸入到命令的輸入中，與echo "$tmp" |.

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