熱圖的內部標簽，在Rggplot

我正在嘗試在熱圖的每個單元格上添加一個數字標簽。因為它還需要邊際條形圖，所以我嘗試了兩個包。iheatmapr 和 ComplexHeatmap。

（第一次嘗試）iheatmapr 可以很容易地添加到下面的添加欄，但我看不到如何在單個單元格的熱圖中添加標簽。

library(tidyverse)
library(iheatmapr)
library(RColorBrewer)

in_out <- data.frame(
  'Economic' = c(2,1,1,3,4),
  'Education' = c(0,3,0,1,1),
  'Health' = c(1,0,1,2,0),
  'Social' = c(2,5,0,3,1) )
rownames(in_out) <- c('Habitat', 'Resource', 'Combined', 'Protected', 'Livelihood')

GreenLong <- colorRampPalette(brewer.pal(9, 'Greens'))(12)
lowGreens <- GreenLong[0:5]

in_out_matrix <- as.matrix(in_out)
main_heatmap(in_out_matrix, colors = lowGreens)

in_out_plot <- iheatmap(in_out_matrix,
  colors=lowGreens) %>% 
  add_col_labels() %>% 
  add_row_labels() %>% 
  add_col_barplot(y = colSums(bcio)/total) %>% 
  add_row_barplot(x = rowSums(bcio)/total)
in_out_plot

然后使用： save_iheatmap(in_out_plot, "iheatmapr_test.png") 因為我不能將 ggsave(device = ragg::agg_png etc) 與 iheatmapr 物件一起使用。

此外，iheatmapr 物件與 ggsave() 明顯不兼容（也許我錯了）對我來說是個問題，因為我通常使用 ragg 包匯出影像 AGG 以保留字體大小。我懷疑其他一些熱圖包制作的自定義物件可能與拼湊和 ggsave 不兼容。

ggsave("png/iheatmapr_test.png", plot = in_out_plot,
       device = ragg::agg_png, dpi = 72,
       units="in", width=3.453, height=2.5,
       scaling = 0.45)

（第二次嘗試）ComplexHeatmap 可以很容易地在熱圖中標記單個數字“單元格”，并且還在其“注釋”中提供邊緣條，我已經嘗試過了，但是它的調色板系統（它使用整數來指代一組顏色）不適合我的 RGB 矢量顏色漸變，總體而言，它是一個復雜的包，顯然旨在使圖形比我正在做的更高級。

我的目標是如下面的螢屏截圖示例所示的樣式，它是在 Excel 中制作的。

請任何人都可以為像這樣的簡單熱圖建議一個更合適的 R 包，里面有邊欄和數字標簽？

uj5u.com熱心網友回復：

與其依賴提供開箱即用解決方案的軟體包，實作所需結果的一種選擇是使用從頭開始創建繪圖ggplot2，patchwork這使您可以更好地控制繪圖的樣式、添加標簽等。

注意：問題iheatmapr在于它回傳一個plotly物件，而不是 ggplot。這就是為什么你不能使用ggsave。

library(tidyverse)
library(patchwork)

in_out <- data.frame(
  'Economic' = c(1,1,1,5,4),
  'Education' = c(0,0,0,1,1),
  'Health' = c(1,0,1,0,0),
  'Social' = c(1,1,0,3,1) )
rownames(in_out) <- c('Habitat', 'Resource', 'Combined', 'Protected', 'Livelihood')

in_out_long <- in_out %>% 
  mutate(y = rownames(.)) %>% 
  pivot_longer(-y, names_to = "x")

# Summarise data for marginal plots
yin <- in_out_long %>% 
  group_by(y) %>% 
  summarise(value = sum(value)) %>% 
  mutate(value = value / sum(value))

xin <- in_out_long %>% 
  group_by(x) %>% 
  summarise(value = sum(value)) %>% 
  mutate(value = value / sum(value))

# Heatmap
ph <- ggplot(in_out_long, aes(x, y, fill = value))  
  geom_tile()  
  geom_text(aes(label = value), size = 8 / .pt)  
  scale_fill_gradient(low = "#F7FCF5", high = "#00441B")  
  theme(legend.position = "bottom")  
  labs(x = NULL, y = NULL, fill = NULL)

# Marginal plots
py <- ggplot(yin, aes(value, y))  
  geom_col(width = .75)  
  geom_text(aes(label = scales::percent(value)), hjust = -.1, size = 8 / .pt)  
  scale_x_continuous(expand = expansion(mult = c(.0, .25)))  
  theme_void()

px <- ggplot(xin, aes(x, value))  
  geom_col(width = .75)  
  geom_text(aes(label = scales::percent(value)), vjust = -.5, size = 8 / .pt)  
  scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(.0, .25)))  
  theme_void()

# Glue plots together
px   plot_spacer()   ph   py   plot_layout(ncol = 2, widths = c(2, 1), heights = c(1, 2))

標籤：r ggplot2 标签 热图 复杂的热图

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