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批處理時如何優化omp并行化

2022-03-03 16:29:32 軟體設計

我正在生成類物件并將它們放入 std::vector 中。在添加之前,我需要檢查它們是否與已經生成的物件相交。由于我計劃擁有數百萬個物件,因此我需要并行化此函式,因為它需要大量時間(該函式必須檢查每個新物件與所有先前生成的物件)。

不幸的是,速度提升并不顯著。分析器還顯示出非常低的效率(所有開銷)。任何建議將不勝感激。

        bool
   Generator::_check_cube (std::vector<Cube> &cubes, const cube &cube)
    {
        auto ptr_cube = &cube;
        auto npol = cubes.size();
        auto ptr_cubes = cubes.data();
    
    const auto nthreads = omp_get_max_threads();

    bool check = false;

#pragma omp parallel shared (ptr_cube, ptr_cubes, npol, check)
    {
#pragma omp single nowait
        {
            const auto batch_size = npol / nthreads;
            for (int32_t i = 0; i < nthreads; i  )
            {
                const auto bstart = batch_size * i;
                const auto bend = ((bstart   batch_size) > npol) ? npol  : bstart   batch_size;

#pragma omp task firstprivate(i, bstart, bend) shared (check)
                {
                    struct bd bd1{}, bd2{};
                    bd1 = allocate_bd();
                    bd2 = allocate_bd();

                    for (auto j = bstart; j < bend; j  )
                    {
                    bool loc_check;
#pragma omp atomic read
                    loc_check = check;
                    if (loc_check) break;

                        if (ptr_cube->cube_intersecting(ptr_cubes[j], &bd1, &bd2))
                        {
#pragma omp atomic write
                            check = true;
                            break;
                        }
                    }
                    free_bd(&bd1);
                    free_bd(&bd2);
                }
            }
        }
    }
    return check;
}

更新:立方體實際上是由更小的長方體組成的,每個長方體都有大小(L、W、H)、位置坐標和旋轉。相交函式:

 bool
Cube::cube_intersecting(Cube &other, struct bd *bd1, struct bd *bd2) const
{
    const auto nom = number_of_cuboids();
    const auto onom = other.number_of_cuboids();

    for (int32_t i = 0; i < nom; i  )
    {
        get_mcoord(i, bd1);

        for (int32_t j = 0; j < onom; j  )
        {
            other.get_mcoord(j, bd2);
            if (check_gjk_intersection(bd1, bd2))
            {
                return true;
            }
        }
    }
    return false;
}

//get_mcoord 計算長方體的頂點

   void
    Cube::get_mcoord(int32_t index, struct bd *bd) const
    {
        for (int32_t i = 0; i < 8; i  )
        {
            for (int32_t j = 0; j < 3; j  )
            {
                bd->coord[i][j] = _cuboids[index].get_coord(i)[j];
            }
        }
    }

inline struct bd
allocate_bd()
{
    struct bd bd{};

    bd.numpoints = 8;

    bd.coord = (double **) malloc(8 * sizeof(double *));

    for (int32_t i = 0; i < 8; i  )
    {
        bd.coord[i] = (double *) malloc(3 * sizeof(double));
    }
    return bd;
}

uj5u.com熱心網友回復:

您搜索的問題是 OpenMP 真的很喜歡靜態回圈,其中迭代次數是預先確定的。因此,也許一項任務會break提早,但所有其他任務都會經過他們的全面搜索。

對于 OpenMP 的最新版本(我認為是 5),有一個解決方案。

  1. (不確定這一點:使您的任務更加細粒度,例如每個交叉測驗一個);
  2. taskloop在;中生成你的任務
  3. 一旦你找到你的交叉點(或任何導致你打破的條件),做cancel taskloop
  4. 小問題:默認禁用取消。將環境變數設定OMP_CANCELLATION為 true。

uj5u.com熱心網友回復:

你有更多的交叉點是真的還是更多的是假的?如果大多數情況屬實,那么您的硬體就會充斥著寫入共享資源的請求,而您所做的事情本質上是順序的。解決此問題的一種方法是避免使用共享資源,因此沒有互斥鎖,您讓所有執行緒運行,最后您根據結果做出決定;這可能會運行得更快,但好處也取決于任意選擇,例如很少的指標(例如,nthreads、ncuboids)。

在另一種架構(例如,gpu)上,您的演算法可能運行良好。考慮到生產規模(數百萬個長方體,24 個維度),我可能值得在 gpu 上對其進行基準測驗,看看您是否會從這種遷移中受益。

您還有一個復雜性問題,即對于每個新長方體,您都將其與整個現有長方體集進行比較。解決這個問題的一種方法是按維度收集所有長方體大小(范圍)并對它們進行排序,然后添加新的長方體范圍。如果一個維度存在交叉點,則測驗下一個維度等。您也可以并行運行它們。在運行范圍之前,您測驗您是否在全域范圍內擊中,如果不是,則在本地測驗交叉點是沒有用的。

在這里和一般情況下,您希望以最小的依賴性(共享資源、互斥鎖)進行并行化。所以你想嘗試找到一個觀點,這會發生。在有序范圍(段)上并行化維度可能比在長方體上并行化更好。

并行性的演算法和好處還取決于物件的值。這并不意味著復雜性預測不相關,而是在給定這些值的情況下,人們可能會找到一種更聰明的方法。

uj5u.com熱心網友回復:

我認為您的代碼受記憶體限制,因此其瓶頸是記憶體讀/寫而不是計算。這可能是速度提升不佳的主要原因。正如@Soleil 已經提到的那樣,不同的硬體(GPU)在這里可能是有益的。

Generator::_check_cub您在多次呼叫的評論中提到。為了減少 OpenMP 開銷,我的建議是將并行區域移出這個函式,你甚至可以在你的main函式中使用它:

main(){
   #pragma omp parallel
   #pragma omp single nowait
   {
     //your code 
   }
}

在這種情況下,您必須使用#pragma omp taskwait等待任務完成。

for (int32_t i = 0; i < nthreads; i  )
{
   #pragma omp task default(none) firstprivate(...) shared (..)
   {
       //your code comes here
   }   
}
#pragma omp taskwait

我還建議default(none)在指令中使用子句,#pragma omp task因此您必須明確告知所有變數的共享屬性。

你真的需要功能get_mcoord嗎?對我來說,這似乎是一個冗余的記憶體副本。我認為撰寫一個將其或其索引作為引數的check_gjk_intersection函式可能會更好。_cuboids在這種情況下,您可以擺脫 and 的許多記憶體分配/釋放,bd1正如bd2@Victor 指出的那樣,這也可能很耗時。

轉載請註明出處,本文鏈接:https://www.uj5u.com/ruanti/436457.html

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