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在R中將二進制列聚合為一列需要很長時間

2022-04-02 11:55:14 軟體設計

我正在運行一段前面討論過的代碼,該代碼包含150 萬行的大資料,運行需要數小時但尚未完成。我的資料如下所示:

ID    London   Paris   Rome
1       Yes     No      Yes
2       No      No      Yes
3       No      Yes     Yes
4       No      Yes     No

我想添加一個列,顯示一個 ID 去過的所有城市,以及一個顯示一個 ID 去過的城市數量的列,如下所示:

ID    London   Paris   Rome    All Cities      Count of Cities travelled
1       Yes     No      Yes    London, Rome                2
2       No      No      Yes     Rome                       1
3       No      Yes     Yes    Paris, Rome                 2
4       No      Yes     No     Paris                       1

我正在運行這段代碼,當我在 100 行資料的樣本上運行它時運行良好:

cities <- c('London', 'Paris', 'Rome')

df %>%
  rowwise %>%
  mutate(`All Cities` = toString(names(.[, cities])[which(c_across(all_of(cities)) == 'Yes')]),
         `Count of Cities travelled` = sum(c_across(all_of(cities)) == 'Yes'))

有什么辦法可以改進這段代碼嗎?還是縮短運行時間?

謝謝!

uj5u.com熱心網友回復:

這是一種tidyverse不使用的方法rowwise(),已知它非常慢。

library(tidyverse)

cities <- c('London', 'Paris', 'Rome')
df <- read.table(header = T, text = "ID    London   Paris   Rome
1       Yes     No      Yes
2       No      No      Yes
3       No      Yes     Yes
4       No      Yes     No")

df %>% 
  mutate(across(cities, ~ifelse(.x == "Yes", cur_column(), NA), .names = "{.col}1")) %>% 
  unite(`All Cities`, ends_with("1"), sep = ", ", na.rm = T) %>% 
  mutate(`Count of Cities travelled` = str_count(`All Cities`, ",")   1)

  ID London Paris Rome   All Cities Count of Cities travelled
1  1    Yes    No  Yes London, Rome                         2
2  2     No    No  Yes         Rome                         1
3  3     No   Yes  Yes  Paris, Rome                         2
4  4     No   Yes   No        Paris                         1

uj5u.com熱心網友回復:

基礎 R 中的可能解決方案:

df$Cities <- apply(df, 1, \(x) paste(names(df[-1])[x[-1] == "Yes"], collapse = ", "))
df$N <- apply(df, 1, \(x) sum(x[-1] == "Yes"))
df

#>   ID London Paris Rome       Cities N
#> 1  1    Yes    No  Yes London, Rome 2
#> 2  2     No    No  Yes         Rome 1
#> 3  3     No   Yes  Yes  Paris, Rome 2
#> 4  4     No   Yes   No        Paris 1

dplyrrowwise_

library(dplyr)

df %>%
  rowwise %>%
  mutate(Cities = str_c(colnames(df[-1])[c_across(2:4) == "Yes"], collapse = ", "),
         N = sum(c_across(2:4) == "Yes")) %>%
  ungroup

#> # A tibble: 4 × 6
#>      ID London Paris Rome  Cities           N
#>   <int> <chr>  <chr> <chr> <chr>        <int>
#> 1     1 Yes    No    Yes   London, Rome     2
#> 2     2 No     No    Yes   Rome             1
#> 3     3 No     Yes   Yes   Paris, Rome      2
#> 4     4 No     Yes   No    Paris            1

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